Résumé complet
Emi Makaze, star montante de la danse, prend contact avec Ryô Saeba pour retrouver son frère, Takiyaki, qu'elle n'a pas vu pendant 13 ans. Elle avait 9 ans lorsqu'il est parti de la maison et depuis la mort de leurs parents, il est la seule famille qu'il lui reste. Ryô commence par refuser car selon lui la recherche des personnes disparues relève du travail de la police mais il accepte finalement sous la pression d'Umibozû, qui est un grand fan de la demoiselle.
Venant récupérer une photo de son frère dans son ancien pensionnat, Emi, accompagnée de Ryô et Kaori, est surprise par un tir très puissant qui détruit la précieuse photo. Menant sa petite enquête, Ryô découvre que le tireur se fait surnommer dans le milieu "le Professeur". Ce dernier, ayant eu vent de la fameuse réputation de City Hunter, décide de se mesurer à lui et pour ce faire, il va s'adjoindre l'aide de deux criminels très dangereux, le premier expert en explosifs et attentats à la bombe et le second brute sanguinaire et accessoirement pilote d'hélicoptère.
Quelques jours plus tard, Emi reçoit un bouquet de roses noires avec un petit mot lui donnant rendez-vous au parc d'attraction. Emi est sûre qu'il s'agit de Takiyaki mais Ryô décide de l'accompagner car il est certain que le fameux Professeur et le frère d'Emi sont la même personne. Et effectivement, ses déductions s'avèrent exactes. Réchappant aux attaques du Professeur, Ryô apprend qu'Emi n'a pas de liens de sang avec Takiyaki. Elle a perdu ses parents à l'âge de 5 ans et a été adoptée par les parents de Takiyaki. Il avait 16 ans, était un élève brillant diplômé d'Harvard, mais très secret. Il disparut le jour de ses 18 ans, laissant seulement un message à sa sœur, "Goodbye my (sweetheart)". S'enrôlant dans la Légion, il survécut seul au massacre de son régiment pendant la guerre du Golfe. Quand les alliés débarquèrent, il se crût sauvé mais reçut une pluie de bombes avec ses ennemis. Laissé pour mort, il se mit à haïr ses compatriotes et devint un criminel redoutable...
L'inauguration sur la ligne de métro Yamanote d'une nouvelle rame à pilotage automatique, événement auquel a été conviée Emi, va permettre au Professeur de soumettre le gouvernement japonais à un chantage à la bombe, exigeant qu'on lui livre dix milliards de yens sous peine de raser le quartier de Shinjuku de la carte. En effet, la bombe, dissimulée dans le wagon de tête du train, est programmée pour exploser si le métro ralentit sur la rame ou si Emi se lève de son siège. De surcroît, elle explosera quoiqu'il arrive si on ne l'arrête pas avant son entrée en gare de Shinjuku...
Tandis que Kaori prend la place d'Emi (elles font comme de juste le même poids!), Umibozû se débarrasse des complices du Professeur. Ce dernier va affronter Ryô. Takiyaki pense que City Hunter et lui sont de la même trempe mais Ryô pense le contraire: il a encore des attaches à la vie, ce qui n'est pas le cas de son adversaire. Celui-ci avoue que depuis le début son plan était de faire sauter le quartier de Shinjuku et de mourir avec City Hunter et Emi. Puis chacun tire un coup de feu. Ryô est touché, mais pas mortellement, contrairement au Professeur. Il ne reste qu'une minute trente avant que le train n'explose. Il faut vite désamorcer la bombe mais il n'y a pas moins de 6 fils différents! Ryô se fie à son instinct, soulève la jupe d'Emi et comme sa culotte est bleue, il choisit de couper le fil bleu... qui s'avère être le bon! A l'agonie, le Professeur avoue qu'il lui restait une chose qui le rattachait à la vie: sa sœur et son sourire. Puis il meurt, heureux d'avoir pû lui délivrer son message d'adieu.
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