Sayonara, Galaxy Express 999

Après son combat contre la reine Prométhium et la destruction de la planète Heavy Metal, Tetsurô Hoshino est retourné sur Terre, laissant derrière lui son amie Maetel. Hélas, une triste constatation s'impose à lui lors de son retour: Metropolis est en ruines, assaillie par les soldats de Prométhium qui continuent de traquer sans répit la moindre trace de vie. Parmi les quelques humains toujours en vie, subsiste un groupe appelé "les combattants de la liberté", et auquel Tetsurô se joint, bien qu'il ne parvienne pas à croire la rumeur selon laquelle Prométhium serait bien vivante. Un jour, on lui apporte cependant un message préenregistré de Maetel, lui demandant de la rejoindre à bord du Galaxy Express 999. Il faudra tout le courage de ses compagnons d'arme, et leur sacrifice, pour que Tetsurô réussisse à embarquer malgré les embûches rencontrées sur sa route. Pourtant, Maetel ne se trouve pas dans le train et le contrôleur lui-même ne peut le renseigner sur la destination du voyage...
Sa première escale a lieu sur Rahmetal, un satellite de la planète Heavy Metal, devenue à présent inhabitable. Là, il rejoint les résistants et se lie d'amitié avec Myaodeur, un extraterrestre à la peau bleutée. Celui-ci apprend à notre héros que Maetel est devenue la nouvelle reine de l'univers. Tetsurô ne le croît évidemment pas et retourne dans le train, où il retrouve enfin celle qu'il cherche. Mais Maetel ne lui donne aucune explication sur ce mystérieux rendez-vous. Le voyage reprend son cours et, à bord de la locomotive, Tetsurô fait la connaissance de Metalména, une cyborg n'éprouvant aucune sympathie envers les êtres humains et qui consomme d'étranges capsules remplies d'énergie qui lui assurent la vie éternelle.
Plus tard, le train est bloqué dans un relais du Galaxy Express par le mystérieux Faust, bras-droit de Prométhium, dont l'enveloppe charnelle a été détruite mais dont l'esprit subsiste encore. Faust fait revivre à Tetsurô le douloureux souvenir de la mort de sa mère et blesse Maetel, qui est sauvée in-extremis par la pirate Emeraldas. La destination finale, Andromède, planète jumelle de la reine Prométhium, se rapproche et Tetsurô apprend que le message soit-disant envoyé par son amie était un faux; il a donc été piégé par quelqu'un.
Sur Andromède, Maetel quitte Tetsurô pour se faire couronner reine et ainsi succéder à sa mère. Son jeune ami prend cet acte pour une trahison mais Maetel s'explique: il lui fallait devenir reine pour accéder au cœur de la planète, là où sont fabriquées les capsules énergétiques utilisées par les cyborgs et qui renferment un bien funeste secret. Aidé par le corsaire de l'espace Harlock, Tetsurô va devoir combattre Faust, à qui il est lié sans le savoir, et l'esprit de Prométhium afin de libérer l'univers de ses oppresseurs...

Après l'incroyable succès du premier film, sorti sur les écrans japonais en 1979, et qui résumait la série télévisée en deux heures, l'idée fut lancée de créer un nouveau long-métrage, cette fois-ci basé sur une histoire originale. En effet, cette nouvelle aventure peut non seulement faire suite au premier film, mais également au dernier épisode de la série et même au manga. Pourtant, cette suite paraît assez improbable, et surtout largement inspirée du cinéma de SF américaine (Faust rappelle grandement le Dark Vador de "Star Wars", et les capsules utilisées par Metalména ont quasiment la même origine que les pilules vertes de "Soleil vert").

Depuis, Leiji Matsumoto a repris son manga (ces nouvelles aventures, dont la prépublication a commencé au Japon en 1996, correspondent aux volumes 15 à 21 de l'édition française de chez Kana), rendant l'histoire du film quelque peu "caduque". Il n'en reste pas moins que ce long-métrage est techniquement très abouti, bien plus que le premier, et que les apparitions d'Albator/ Harlock et de son équipage sont toujours réjouissantes pour les fans. Les quelques révélations sur les origines de Tetsurô et de Maetel sont également intéressantes.

En 1998, un troisième et dernier long métrage autour de "Galaxy Express" sort dans les salles japonaises, "Galaxy Express 999 Eternal Fantasy" mais n'obtient qu'un succès modéré (le film est sorti en catastrophe et sa durée est bien inférieure à celle prévue au départ). Dans les années 2000, le train de l'espace continue toujours ses voyages dans l'univers, au travers de deux séries parallèles, "Galaxy Railways" et "Space Symphony Maetel" (dédiée à la jeunesse de Maetel).