Résumé complet
Miyuki Nanase, l’amie d’enfance du célèbre enquêteur Hajime Kindaichi, a été invitée par une camarade de classe, Akane Aizawa, à passer des vacances dans un complexe hôtelier. Et pas n’importe lequel, il s’agit d’un complexe nommé Deep Blue, sis sur une île paradisiaque, et dont son père lui a fait cadeau. A côté de l'hôtel, un dôme sous-marin est en construction et lorsqu'il sera terminé, il permettra de découvrir des ruines sous-marines. Kindaichi accompagne Miyuki ainsi que sa jeune cousine, Fumi. Mais l'invitation d'Akane est intéressée : elle compte en effet sur les talents de détective de Kindaichi pour découvrir qui a adressé à son père d’Akane une lettre de menace signée d’un dénommé "Roi César".
Peu après l'arrivée de Kindaichi et des autres, un meurtre survient : le frère cadet d'Akane est tué dans l'explosion de sa voiture. Le détective Isamu Kenmochi est immédiatement dépêché pour enquêter sur cette affaire, de même que l'inspecteur Kengo Akechi. Ils découvrent que le "Roi César" serait un dieu vénéré par tout un groupe d'internautes. Des terroristes œuvrant pour le "Roi César" infiltrent l'hôtel, qui a été presque vidé de ses clients suite à une alerte à la bombe, et se retranchent avec les derniers clients présents. Parmi eux, Kindaichi, sa cousine, Miyuki, Akane, mais aussi le père d'Akane, Shuichiro Aizawa, l'épouse de Shuichiro, Yurie Aizawa, le frère aîné d'Akane, Suguru Aizawa, le secrétaire de Shuichiro, Kisuke Akamori, le tuteur d'Akane, Takeshi Suo, et un archéologue, Makoto Wakabayashi.
Alors que tout le monde est plongé dans le noir, Kindaichi est attaqué et manque de se faire noyer dans un aquarium géant. Heureusement, il est sauvé de la noyade par Takeshi Suo. Hélas, on retrouve peu après le cadavre de Suguru Aizawa, qui lui n'a pas survécu à sa tentative assassinat. La femme de Shuichiro, Yurie, soupçonne Takeshi, le tuteur d'Akane, d'être le meurtrier. En effet, Shuichiro voudrait que sa fille épouse Takeshi, et si cela devait arriver il deviendrait l'héritier de la famille. Makoto, archéologue, soupçonne quant à lui Shuichiro car il pense qu'il a déjà tué dans le passé. La victime serait le professeur Naguni, responsable des ruines sous-marines, qui cherchait à préserver celles-ci tandis que Shuichiro n'aurait aucun intérêt pour elles en dehors du fait qu'elles pourraient attirer de potentiels clients.
Kindaichi réussit à trouver un moyen pour les otages de sortir de la pièce où ils étaient enfermés mais ils sont rattrapés par les terroristes. Takeshi se fait tuer en tentant de sauver Akane mais elle, Kindaichi, Miyuki et Fumi réussissent à s'enfuir dans les ascenseurs. Cependant, le secrétaire de Shuichiro, Kisuke Akamori, est retrouvé assassiné par Kindaichi et sa cousine. Les terroristes apprennent aux otages qui n'ont pas réussi à s'échapper qu'ils ouvrent pour respecter la vision du professeur Naguni et empêcher que les ruines antiques ne soient abimées par le tourisme de masse. Shuichiro avoue alors avoir tué celui-ci en trafiquant sa bouteille de plongée et en camouflant son assassinat. Puis les terroristes appuient sur une bombe pour commencer à détruire l'hôtel. Tout le monde survit mais l'hôtel n'est plus en mesure d'accueillir des clients. Le détective Isamu Kenmochi et l'inspecteur Kengo Akechi arrivent sur le lieu alors que Kindaichi va révéler l'identité du tueur qu'il a finalement démasqué.
Le tueur n'est autre que Takeshi, qui n'est en réalité pas mort de ses blessures, et qui sort des décombres. Kindaichi a réalisé l'identité du tueur pour plusieurs raisons. Premièrement, il a compris qu'on n'a jamais vraiment essayé de le tuer, sa noyade "ratée" a permis de faire diversion lorsque Suguru a été assassiné. Takeshi, absent pendant la majeure partie de l'incident, est ensuite revenu pour "sauver" Kindaichi. Deuxièmement, Takeshi avait fait semblant d'appeler Suguru pendant qu'il sortait Kindaichi de l'eau, donnant l'impression que Suguru n'était pas loin alors qu'en réalité il était déjà mort. Enfin, Takeshi était sorti en dernier de l'aquarium en tenant la porte à tout le monde avec son dos pour cacher le cadavre de Suguru derrière celle-ci ! Il a ensuite profité de la confusion pour aller discrètement cacher le cadavre. Takeshi ne nie pas et révèle son mobile : il est un orphelin pris en charge dans son enfance par le professeur Naguni. Takeshi est devenu le tuteur d'Akane dans le but de s'infiltrer dans la famille Aizawa et commettre les meurtres qui lui permettrait de venger la mort du professeur Naguni. Dans le même temps, il comptait se rapprocher d'Akane et l'épouser afin d'obtenir le pouvoir de la famille Aizawa. L'un des terroristes est dégouté par ses révélations et tente de tuer Takeshi mais sans y parvenir. C'est alors que l'hôtel commence à tomber en morceaux que tout le monde s'enfuit. Takeshi reste quant à lui dans les parages et se laisser tuer dans la destruction du complexe hôtelier plutôt que de finir en prison.
Akane est évidemment meurtrie par tous ces événements mais Fumi, la cousine de Kindaichi, lui remet un mouchoir à l'aéroport pour éponger ses larmes. Quant à Kindachi, il révèle à Akane qu'il pense que Takeshi l'a véritablement aimée en dépit de tout. Akane le remercie et réussit à sourire malgré les larmes...
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